春回大地，更逢慢羊羊村長(zhǎng)周年慶典。慢羊羊的坐騎老蝸牛卻突然病倒，經(jīng)過檢查，村長(zhǎng)感到如臨大敵，打算潛入蝸牛身上消滅引起這個(gè)病變的病毒。小羊們覺得危險(xiǎn)，要代替村長(zhǎng)前往蝸牛的身體上消滅病毒。沒想到灰太狼偷聽到，也要進(jìn)入蝸牛體內(nèi)捉小羊。
　　喜羊羊、沸羊羊、懶洋洋和美羊羊到了蝸牛的兩只觸角上。喜羊羊和美羊羊還沒搞清楚這是個(gè)什么地方，就被白菌(白牛)士兵強(qiáng)行征召入伍當(dāng)兵。而且不須新兵訓(xùn)練，直接就拉上戰(zhàn)火連天的前線。
　　在軍營(yíng)內(nèi)得知，這是個(gè)位于蝸牛觸角上的細(xì)菌國(guó)度——白牛國(guó)。最近這個(gè)蝸牛世界不再平靜，終日發(fā)生地震。國(guó)王斷定一定是處在另一只觸角上的黑菌(黑牛)王國(guó)——黑牛國(guó)搞的鬼，為了消滅邪惡的黑牛國(guó)，制止這場(chǎng)細(xì)菌感染，白牛國(guó)征集了全國(guó)兵力，發(fā)動(dòng)了戰(zhàn)爭(zhēng)。既然大家的目的一致，喜羊羊參加到了白牛國(guó)的軍隊(duì)，一同和黑牛國(guó)的細(xì)菌作戰(zhàn)。
　　兩國(guó)在國(guó)境線上擺開戰(zhàn)場(chǎng)，喜羊羊發(fā)現(xiàn)黑牛國(guó)竟然是灰太狼領(lǐng)軍,更造出新式武器坦克和飛機(jī)，白牛國(guó)全軍潰敗，還被重重包圍。
　　喜羊羊攜帶而來的通訊器一直沒有信號(hào)，為了和村長(zhǎng)取得聯(lián)絡(luò)，喜羊羊要經(jīng)過危險(xiǎn)禁地——漩渦黑森林，這里菌跡罕至，一旦進(jìn)入九死一生。但喜羊羊還是毅然出發(fā)，經(jīng)過長(zhǎng)途跋涉，在即將到達(dá)森林出口的時(shí)候，不幸遇上了神秘的細(xì)菌蠻族(黃牛)，雖然喜羊羊逃脫出來，可是通訊器卻落入了蠻族手中。灰太狼更成為他們的軍師，造出許多控制細(xì)菌的控制器，一舉消滅黑牛和白牛兩個(gè)細(xì)菌王國(guó)，事成之后，那兩國(guó)細(xì)菌是蠻族的糧食，而小羊則由灰太狼享用。
　　浩浩蕩蕩的蠻族細(xì)菌大軍將他們兩國(guó)包圍得水泄不通，并揚(yáng)言要將兩國(guó)細(xì)菌都作為他們的食糧。兩個(gè)國(guó)王都萬萬想不到，一向溫順、與世無爭(zhēng)的蠻族細(xì)菌竟然就是引致這個(gè)世界病變的真正根源！
　　正當(dāng)灰太狼得意之時(shí)，沒想到自己也給黃牛蠻族細(xì)菌大王吃掉。
　　喜羊羊?yàn)榫缺娙耍c黃牛開展生死大戰(zhàn)，最后更犧牲救回小灰灰，令灰太狼答應(yīng)以后再不吃一根羊毛。
　　最后，蝸牛終于回復(fù)了健康，小羊們和灰太狼夫婦也回到了草原上，但灰太狼卻在慶功會(huì)上發(fā)難，并表示自己并沒有違背誓約——一根羊毛也不吃，那可是剝了皮再吃！不料喜羊羊卻早有準(zhǔn)備，反制住了灰太狼。其他小羊憤怒地要把灰太狼消滅時(shí)，喜羊羊倒把他們放走——因?yàn)椋篱g萬物自有他存在的道理，不能輕言消滅——青青草原上，羊和狼的歡樂故事還將永遠(yuǎn)繼續(xù)！