鼠疫是當時中國人不了解的新型烈性傳染病，無人了解、無法救治，在這種自然條件下，明朝滅亡和李自成的失敗不可避免。在漢滿的軍事博弈中，鼠疫幫了清朝的大忙。李自成最后失敗的真正原因一直是個謎：占領北京時，李自成的軍隊浩浩蕩蕩一百余萬，為何進京天后部隊竟然仿佛突然間失去了戰斗力——遇清軍一觸即潰，兵敗如山倒,而且從此一蹶不振？是這支部隊的軍紀渙散嗎？非也。李自成治軍有方，義軍的組織性很強。是這支龐大的軍隊的物質力量跟不上嗎？非也。李自成大軍在北京通過肅貪追贓搞到了七千萬兩銀子，相當于明朝的十年稅收，至少可以在幾年里實施“迎闖王不納糧”而更深得民心，他有足夠的財力可支撐他龐大的軍隊。原來李自成并非敗于清朝，而是敗于當時肆虐橫行的鼠疫！李自成進京前后，北京周邊地區流行鼠疫。研究表明，鼠疫每次傳到一個新地區時，由于當地人和鼠以及跳蚤都沒有抵抗力，其死亡率高、傳染性強，死亡率高于%。李自成軍于農歷月進抵北京，有關文獻記載崇禎年秋鼠疫已出現在北京一帶，只因冬天氣溫低，鼠疫傳播變緩，月春暖花開，桃紅杏白，跳蚤、老鼠開始趨向活躍，大規模的鼠疫自然爆發。由于鼠疫的傳染死亡率很高，崇禎的御林軍短時間內失去戰斗力毫不奇怪。李自成因此未遇大戰就占領了北京。李自成大軍進京后感染了鼠疫，自然戰斗力也大減，當然打不過清兵——盡管其數量遠低于自己。并且敗兵因此成了鼠疫傳染源——文獻記載“賊過處皆大疫”。因此李自成雖然此時財雄天下，可以大規模招兵買馬，但新兵入伍即染鼠疫失去戰斗力，兵力再多也沒用，始終無法抵擋清朝的虎狼之師。鼠疫蔓延軍營，且長時間無法擺脫，李自成的精神遭受毀滅性打擊，因此痛失江山并一蹶不振，“無可奈何花落去”。由于軍人是集體生活，所以鼠疫流行對古代軍人的打擊是毀滅性的。李自成的百萬大軍在十分肆虐的鼠疫面前，幾乎是束手無策，只能坐以待斃。那么，為什么清兵就沒患鼠疫呢？歐洲人在研究世紀歐洲鼠疫時從留下的壁畫及文字中發現，在鼠疫大流行中只有騎兵幸免于鼠疫。于是得出結論：鼠疫經跳蚤傳播，跳蚤討厭馬味，所以騎兵不被鼠疫傳染！眾所周知，八旗鐵騎威震四方，清兵主要由騎兵組成，所以是不會傳染上鼠疫的。盡管只有十幾萬軍隊，但未患鼠疫的清軍戰斗力自然在深受鼠疫困擾的李自成大軍之上(雖然其數量遠遠大于清軍)。鼠疫是當時中國人不了解的新型烈性傳染病，無人了解、無法救治，在這種自然條件下，明朝滅亡和李自成的失敗不可避免。在漢滿的軍事博弈中，鼠疫幫了清朝的大忙。李自成的百萬大軍就這樣土崩瓦解于小小的鼠疫，估計這位雄才大略的起義領袖慘敗致死時也留下了“天亡我也”的一聲嘆息。